圣水寺的始建源于一个美丽的传说。相传远古时代，洪水泛滥，世界一片汪洋。东海龙王携五个龙子，优哉游哉游到汉中。刹时，秦巴之间洪水暴涨，大浪滔天，百姓纷纷逃命他去。一日，神箭手众恒怒视洪水，乱箭射入，恨不能杀尽孽龙，使百姓平安。忽然，天空飞过一只大鹏，边飞边呱呱人语：呱呱呱，破金峡；水入海，人安家。众恒听罢，心领神会，找着东方卡山大石，率众历尽辛苦，打通黄金峡。洪水东流入海，众恒射杀了龙王，活捉黑、白、乌、黄、青五条龙子，钉在巴山脚下，令它们掘泉洞，打通地下海道，造福人民，立功赎罪。圣水寺内黑白乌黄青五色泉水即源于此。
五龙凿通地下泉水虽为传说，但圣水寺内拱捧大殿的五眼泉水却是真实的存在。黑白乌黄青五色泉水像五朵盛开的花朵，紧紧的围绕在大雄宝殿周围，拱捧着威严的大殿。五泉其色各异：黑龙泉色黑如漆，白龙泉色白如玉，乌龙泉乌澄鉴人，黄龙泉金光闪烁，青龙泉清澈见底。其味也各不相同。经科学化验鉴定，各泉所含铁、硫、氮、钾、碳、磷、钙等元素和微生物也不相同。其中，青龙泉含有害物质较少，可食之。白龙泉次之。其余各泉有害物质较多，均不能食。百米之内，五泉各异，实为奇迹。
水不在深，有龙则灵。泉灵则有圣，灵泉即圣水。“五龙泉天旱而不干涸，长年涌流，抗旱救灾，泽润生民。”因而，群众在五龙泉附近修建了圣水寺。丰年贡奉，感谢庇护；荒年祈求，企保平安。
圣水寺创建何时，已难考证。寺内原有一株古桂，传为西汉萧何所值。据此，这里久负盛名已有两千多载。二山门石刻楹联：“稀有桂树两千载；奇特名贵八瓣花。”将桂树的历史、特点表叙得十分清楚。此桂除了比一般桂树花瓣多一倍外，还有一个奇特的特点是花期月余，先后怒放四五次之多。引起国内外植物学家重视。而据地方志记载，圣水寺建于明嘉靖（1522—1566）年间。
圣水寺昔日亭台楼阁古朴，殿堂巍峨壮观，香火常年不断，钟鼓不绝于耳。背依的山巅上，还建有凉台亭阁。殿内的佛像，铜铁铸就，最重者达七千余斤。
抗日战争时期，圣水寺作为黄埔军校教学点，为反法西斯帝国主义侵略战争培养了一大批热血青年。近年，东院经抢救维修后，开辟为全民抗战及黄埔军校在圣水寺办学展览，对游人进行爱国主义教育。
改革开放以来，圣水寺文管所在文物古建保护中做了许多积极而有效的工作。争取款项维修了圣水寺的大殿以及厢房、围墙，恢复了宏伟壮观的牌楼式大山门等。搬迁了原来设在寺内的圣水中学，并对学校部分教室进行仿古改造，将收集的石刻文物陈列展出。向游人展示古代石刻艺术和书法艺术。现文管所正在积极筹资恢复二山门及东西两侧配殿，五色龙泉之上的亭子等。经附近群众与文物管理所的共同努力，圣水寺后山上已经培育了八万三千二百余平方米的松树林，圣水寺东面一条山沟及缓坡之上全部栽种了桃树。春来松青桃花红，与平川金灿灿的油菜花相映，使圣水寺如世外桃园，天上仙境一般。而寺院内坡地经文管所几年的努力绿化，花草依坡就势，层次很强，五颜六色的鲜花争相怒放，蝶飞蜂舞，景色宜人。高大的朱柱山门与周边的修篁新笋倒映在一泓池水之中，几只雪白的鸭鹅轻浮水面，其情其景，妙不可言。